Die Justizvollzugsschule wurde im Jahre 1966 in der ehemaligen Lagerschule des Flüchtlingslagers in Stuttgart-Stammheim eingerichtet. Sie hieß damals noch Strafvollzugsschule. Das Gelände der Lagerschule grenzte an das „Untersuchungs- und Strafgefängnis Stuttgart-Stammheim“, sodass sich schon auf Grund dieser räumlichen Nähe eine enge Verbindung zwischen Vollzugsanstalt und Schule ergab.
Bis zum Jahre 1966 wurde im „Landesgefängnis Mannheim“ unterrichtet, wo seit dem Jahre 1955 insgesamt 26 „Lehrgänge für Gefängnisaufseher“ durchgeführt wurden. 

Diese Lehrgänge dauerten 10 Wochen und umfassten neben 250 theoretischen Unterrichtsstunden auch sechs Tage praktischen Dienst.
Nachdem die Anstalt im Jahre 1962 fertiggestellt war, wurden Überlegungen angestellt, die Strafvollzugsschule in Stammheim einzurichten. Nach langwierigen Verhandlungen zwischen dem Justizministerium und der Stadt Stuttgart wurde die ehemalige Lagerschule in Stammheim ausgewählt. Der „27. Lehrgang für Gefängnisaufseher“ begann am 3. Oktober 1966.  Die Lehrgangsteilnehmer mussten in Massenquartieren, 12 – 14 Lehrgangsteilnehmer in einem Raum, untergebracht werden. Darunter litt der Schulbetrieb erheblich. Deshalb wurde im Juli 1970 mit dem Bau eines Wohnheims begonnen, das im Juni 1972 bezogen werden konnte. Dieses bietet 44 Lehrgangsteilnehmern in Zweibettzimmern Unterkunft.

Die Schule war in den ersten Jahren ihres Bestehens keine eigene Behörde, sondern der Vollzugsanstalt Stuttgart angegliedert. Im Jahre 1971 wurde der erste Schritt zur Trennung zwischen Anstalt und Schule vollzogen. Der Lehrgangsleiter war für die Ausbildung verantwortlich; er war Vorgesetzter der Lehrkräfte und der Lehrgangsteilnehmer. Gleichzeitig wurde eine Geschäftsstelle eingerichtet. Damit war die Trennung von der Vollzugsanstalt Stuttgart de facto vollzogen.

Die endgültige Trennung fand erst vier Jahre später statt. Ab September 1975 wurde die Schule unmittelbar dem Justizministerium unterstellt. Die Schule führte die Bezeichnung „Strafvollzugsschule Baden-Württemberg“; seit 1989  hieß sie „Justizvollzugsschule Baden-Württemberg“. Seit dem  01. Juni 2016 wurde der Name in "Bildungszentrum Justizvollzug Baden-Württemberg" umgewandelt.

Durch die Verselbstständigung der Schule sollte die Bedeutung unterstrichen werden, die ihr bei der Ausbildung eines qualifizierten Nachwuchses für den Strafvollzug zukommt. Die Strafvollzugsschule wurde zur zentralen Ausbildungsstätte für den gesamten mittleren Dienst. Der damalige Justizminister, Dr. Traugott Bender, betonte in einer Pressekonferenz, dass für die Schule die Vermittlung erzieherischer Fähigkeiten im Vordergrund stehe.
Solche pädagogische Ansprüche an die Ausbildung von Vollzugsbeamten waren ein Ausdruck von Reformbestrebungen im gesamten Strafvollzug, die sich auch in einer Verlängerung der Ausbildung um ein halbes Jahr niederschlugen.

Von 1967 – 1977 wurde die theoretische Ausbildung stufenweise von 10 Wochen (etwa 320 Unterrichtsstunden) auf acht Monate mit etwa 860 Unterrichtsstunden ausgedehnt. Die fachtheoretische Ausbildung an der Schule umfasst zwei Abschnitte: Einen zweimonatigen Einführungslehrgang mit 220 Unterrichtsstunden und einen sechsmonatigen Abschlusslehrgang mit  640 Unterrichtsstunden.
Ab  Mai 2002 wurden die Einführungslehrgänge von zwei auf drei Monate verlängert; im Gegenzug die Abschlusslehrgänge von sechs auf fünf Monate verkürzt.

Seit dem 01.03.2015 kann das Bildungszentrum in einer weiteren Dienstelle in Hohenhaslach den Aufgaben der Ausbildung und Fortbildung nachkommen. 

Sowie konnte seit dem 19.04.2022 eine weitere Dienststelle in Betrieb genommen werden. Diese befindet sich in Crailsheim und bietet Platz für 26 Lehrgangsteilnehmern mit samt zwei Schulungsräumen.